Marine Papin

Résumé de thèse:

Face à l'urgence de mettre en place des pratiques plus durables pour protéger l'environnement tout en maintenant la production agricole, les inoculants microbiens suscitent un intérêt croissant pour leur potentiel à réduire la dépendance aux intrants synthétiques. Cependant, malgré des décennies de recherche sur les inoculants microbiens du sol, leurs bénéfices sur les rendements des cultures restent très variables en fonction des sols, des climats, des génotypes végétaux et des souches inoculées, rendant les résultats difficiles à prédire et fragilisant in fine la confiance des agriculteurs. Ce travail explore la pertinence des inoculations récurrentes comme levier pour atténuer la résistance biotique de la communauté microbienne résidente du sol et favoriser l’établissement de l’inoculant. Ce travail étudie également les impacts de ces inoculations sur la communauté microbienne résidente. Dans une première expérience en microcosme, nous avons montré que l'inoculation récurrente pouvait améliorer, de manière transitoire l'abondance de l'inoculant (Pseudomonas fluorescens) avec un impact mineur sur la communauté bactérienne résidente. Une deuxième expérience en serre a mis en évidence le potentiel inattendu de l'inoculation récurrente, réalisée jusqu’au semis, à favoriser la croissance du maïs tout en ayant un impact moindre sur la communauté bactérienne résidente par rapport à l'inoculation récurrente à partir du semis. La troisième expérience, réalisée en conditions de champ, a reflété les défis de transposer les bénéfices observés sur la croissance des plantes des conditions contrôlées aux conditions non contrôlées. Finalement, ce travail suggère que le moment et la fréquence de l'inoculation devraient être ajustés de manière complémentaire. C’est-à-dire que l'inoculation récurrente peut augmenter temporairement l’abondance de l’inoculant lors des stades précoces critiques de la croissance des plantes. Cela peut soit favoriser la colonisation de l’hôte lorsqu’une dose adéquate est appliquée, soit influencer indirectement la communauté microbienne du sol au moment du semis.

Composition du jury:

PRIGENT-COMBARET Claire        Directrice de recherche, CNRS, Villeurbanne        Rapportrice

BARRET Matthieu                           Chargé de recherche, IHRS-INRAE Angers             Rapporteur

SALLES Falcão Joana                     Professeure, Univ Groningen, Pays-Bas                 Examinatrice

BARDIN Marc                                  Directeur de Recherche INRAE, Avignon               Examinateur