Domaine d’expertise :

Ecologie des communautés microbiennes dans les sols en relation avec le fonctionnement des agroécosystèmes et le devenir des intrants chimiques et biologiques d’origine agricole.

Axes de recherche :

• Compréhension du rôle de la biodiversité, des interactions abiotiques et biotiques (entre plantes et microorganismes, mais aussi entre microorganismes) dans les services écosystémiques des sols
• Suivi et évaluation de l'impact des stratégies de gestion des agroécosystèmes sur les communautés microbiennes du sol et les fonctions des sols associées, afin de promouvoir la multifonctionnalité des écosystèmes
• Compréhension du rôle des communautés microbiennes fonctionnelles dans la régulation du cycle de l’azote, les émissions d’oxyde d’azote (gaz à effet de serre) et la biodégradation des polluants organiques, dont les pesticides 
• Etude de procédés d’ingénierie écologique des communautés microbiennes pour améliorer la durabilité des agroécosystèmes (bioremédiation, biocontrôle et biostimulation)
• Evaluation de l’impact écotoxicologique de contaminants (par exemple micro- et nano-plastiques, antibiotiques) et d’intrants d’origine chimique et/ou biologique sur les communautés microbiennes du sol et les fonctions associées.

Projets financés :

• Projet ERA-NET BiodivERsA financé par l’UE -- MICROSERVICES: Predicting climate change impacts on the crop microbiome and cascading effects on ecosystem services delivery in agroecosystems
• Projet ANR PRCI -- NO-PIMS : Quel est le rôle du NO exogène pour les plantes, les microorganismes et leurs interactions dans le sol ?
• Projet H2020 financé par l’UE – SOILGUARD: Understanding the effects of soil management and climate change on soil biodiversity & ecosystem services to promote evidence-based conservation strategies
• Projet H2020 financé par l’UE – ARISTO: Research and Training Network fOr AdVanced Assessment of the EcoToxicity of Pesticides on Soil Microbes in Europe
• Projet H2020 financé par l’UE – MINAGRIS: MIcro and NAno plastics in aGRIcultural Soils
• Projet ANR programme CHLORDECONE -- CHLOR2NOU : Chlordecone et ses produits de transformation : nouveaux outils et connaissances
• Projet ANR PRCE -- IMMINENT: IMproving Microbial Inoculation based on Ecological Niche Theory–From theory to practice
• Projet ANR PRCE – EPURSOL : Bioaugmentation pour le traitement des sols agricoles pollués par les pesticides : Efficacité et effets secondaires
• Projet PIA ADEME – SCLEROZA : Développement d’un agent de biocontrôle microbien chez le colza
• Projet financé par le MétaProgramme INRAE HoloFlux -- INT-BXL : INTrogression de capacités de Biodégradation de Xénobiotiques dans des sols et des sédiments poLlués

Productions scientifiques :

2024

• Ascensio-Schultz E., Barbier E., Mounier A., Raynaud T., Spor A. & P. Piveteau. (2024) Idiosyncratic invasion trajectories of human bacterial pathogens facing temperature disturbances in soil microbial communities. Scientific Reports.
• Jacquiod S., Bouchard E., Béguet J., Roure F., Cheviron N., Mougin C., Coffin A., Blouin M. & F. Martin-Laurent. (2024) Effect of plastic film and hemp canvas mulching on soil properties, microbial diversity and lettuce yield. Plant and Soil.
• Jeanbille M., Romdhane S., Breuil M.C., Bru D., Geisen S., Mounier A., Spor A. & L. Philippot. (2024) Size-exclusion experiment in a grassland field unravels top-down control of the soil fauna on microbial community assembly. Ecology Letters.
• Li C., Li X., Romdhane S., Cheng Y., Li G., Cao R., Li P., Xu J., Zhao Y, Yang Y., Jiao J., Hu F., Wu J., Li H., Philippot L. (2024) Deciphering the biotic and abiotic drivers of coalescence asymmetry between soil and manure microbiomes. Science of The Total Environment.
• Litchman E., Villéger S., Zinger L., Auguet J.C., Thuiller W., Munoz F., Kraft N.J.B., Philippot L., Violle C. (2024) Refocusing the microbial rare biosphere concept through a functional lens. Trends in Ecology & Evolution.
• Meyer C, Jeanbille M, Breuil M-C, Bru D., Höfer K., Screpanti C., Philippot L. 2024. Soil microbial community fragmentation reveals indirect effects of fungicide exposure mediated by biotic interactions between microorganisms. Journal of Hazardous Materials.
• Moitinho M.R., Philippot L., Gonzaga L.C., Bru D., Nunes Carvalho J.L. (2024) Biochar addition reduces N2O emissions in fertilized soils under energy cane cultivation. Agriculture, Ecosystems & Environment.
• Papin M., Philippot L., Breuil M.C., Bru D., Dreux-Zigha A., Mounier A., Le Roux X., Rouard N. & A. Spor. (2024) Survival of a microbial inoculant in soil after reccurent inoculations. Scientific Reports.
• Philippot, L., Chenu, C., Kappler, A., Rillig M., Fierer N. (2024) The interplay between microbial communities and soil properties. Nature Reviews Microbiology.
• Romdhane S., Huet S., Spor A., Bru D., Breuil M.C. & L. Philippot. (2024) Manipulating the physical distance between cells during soil colonization reveals the importance of biotic interactions in microbial community assembly. Environmental Microbiome.
• Thieffry S., Aubert J., Devers-Lamrani M., Martin-Laurent F., Romdhane S., Rouard N., Siol M. & A. Spor. (2024) Engineering multi-degrading bacterial communities to bioremediate soils contaminated with pesticides residues. Journal of Hazardous Materials.

2023

• Banerjee, S., Zhao, C., Garland, G., Edlinger A., García-Palacios P., Romdhane S., Degrune F., Pescador D.S., Herzog C., Camuy-Velez L.A., Bascompte J., Hallin S., Philippot L., Maestre F.T., Rillig M.C., van der Heijden MGA. (2023) Biotic homogenization, lower soil fungal diversity and fewer rare taxa in arable soils across Europe. Nature Communications.
• Barneze A.S., van Groenigen J.W., Philippot L., Bru D., Abalos D., De Deyn G.B. (2023) Plant communities can attenuate flooding induced N2O fluxes by altering nitrogen cycling microbial communities and plant nitrogen uptake. Soil Biology and Biochemistry.
• Edlinger, A., Garland, G., Banerjee, S., Degrune, F., García-Palacios, P., Herzog, C., Pescador, D. S., Romdhane, S., Ryo, M., Saghaï, A., Hallin, S., Maestre, F. T., Philippot, L., Rillig, M. C., & van der Heijden, M. G. A. (2023) The impact of agricultural management on soil aggregation and carbon storage is regulated by climatic thresholds across a 3000 km European gradient. Global Change Biology.
• Engelhardt I.C., Niklaus P.A., Bizouard F., Bru D., Breuil M.C., Rouard N., Mounier A., Philippot L., Barnard R.L. (2023) Precipitation patterns and N availability legacy govern microbial response to rewetting in a plant-soil system. Soil Biology and Biochemistry.
• Huet S., Romdhane S., Breuil M.C., Bru D., Mounier A., Spor A. & L. Philippot. (2023) Experimental community coalescence sheds light on microbial interactions in soil and restores impaired functions. Microbiome.
• Spor A. (2023) ONT long-read sequencing and illumine short-read sequencing of 16S rDNA amplicons give comparable results in terms of bacterial community structure in marine sediments. Recommendation for PCI Microbiology.
• Zhang M., Wang S., Zhang L., Li W., Cao M., Huang S., Xu X., He P., Zhou W., Philippot L., Ai C. (2023) Microbial ecological clusters structured by environments drive maize residue decomposition at the continental scale. Science of The Total Environment.