Le projet de recherche de l’équipe SYSTEME s’inscrit dans les objectifs généraux du Pôle ADVENSYS: 
1- Analyser la biodiversité et les interactions entre la flore et des invertébrés à différentes échelles biologiques et de gestion. 
2- Comprendre, co-développer et faciliter la transition vers des systèmes agricoles durables et multi-performants.

Les travaux de cette équipe pluridisciplinaire (agronomie, agroécologie) portent sur les services de régulation dans les agroécosystèmes, en particulier sur le service de régulation des adventices et celui du climat. L’équipe Système a pour objectif d'analyser, comprendre et modéliser les effets des systèmes de culture et des systèmes agroécologiques (définis comme des mosaïques de systèmes de culture et d’infrastructures agroécologiques) sur les adventices et le fonctionnement des cycles biogéochimiques. La finalité est l'évaluation multi-critère et la conception multi-objectif de systèmes de culture (avec des questions autour de la reconnexion entre systèmes de culture et d'élevage), en vue d’une gestion agroécologique des adventices (ex. économes en herbicides, maîtrisant des espèces nuisibles, préservant la biodiversité, assurant quantité et qualité de récolte …) et d’une gestion intégrée des gaz à effet de serre. 

La démarche articule des approches complémentaires :   
1- Le suivi in situ d'adventices et/ou d’émission de gaz à effet de serre ainsi que d'autres composantes (en station expérimentale ou en réseau de parcelles d’agriculteurs).                                                                                                       
2- Des expérimentations analytiques et systèmes, en conditions contrôlées (ex. serre) et au champ (ex.plateforme CA-SYS) pour identifier et quantifier les processus sous-jacents (ex. compétition pour les ressources entre plantes).
3- Le développement de modèles mécanistes quantifiant (a) la dynamique de la flore adventice en réponse aux systèmes de culture en interaction avec le pédoclimat (ex. le modèle FlorSys), et (b) la dynamique des émissions de gaz à effets de serre.
4- Le développement et l'application de méthodologies pour l'évaluation multi-critère et la conception multi-objectif de systèmes de culture (incluant des ateliers de co-conception avec des agriculteurs). Pour cela, il s’agit de combiner des données issues ‘d’essais système’ (ex. plateforme CA-SYS), de bases de données décrivant les pratiques des agriculteurs (ex. données du réseau DEPHY), de simulations (ex. issues des modèles mécanistes), d’enquêtes