Plateforme GENOSOL

Plateforme GENOSOL

La plateforme GenoSol dont le cœur de métier est la conservation à long terme de matrices environnementales se situe dans l’UMR Agroécologie de Dijon a été créée en 2008. Cette plateforme offre une infrastructure unique en Europe, dont l’objectif est de fournir une structure logistique et technique assurant l’acquisition, la conservation, la caractérisation et la mise à disposition des ressources génétiques (ADN) des sols issus d’échantillonnages de grande envergure

La plateforme GENOSOL s’articule autour de trois structures principales

Un Centre de Ressources Génétiques (CRG)

conservatoire

Ce centre a pour but de stocker et de conserver les ressources génétiques (sols et ADN) et de les mettre à disposition de la communauté scientifique. Cette structure est labellisée IBISA CRB et a intégré le pilier environnement de l'IR Ressources Agronomiques pour la Recherche.

•  Un Laboratoire d’Analyses et de Développement Moléculaires

labo genosol

 Cette plateforme technique a pour objectif de développer la veille technologique sur les méthodes d’extraction des acides nucléiques des sols et les outils de caractérisation des ressources génétiques microbiennes.

La plateforme a, dans un premier temps, travaillé sur des approches de type métabarcoding (amplification de gènes marqueurs). Elle évolue en ajoutant à son offre de services des extractions permettant des approches métagénomiques et métatranscriptomiques.


Un Système d’Information Environnementale (SIE)

Centré sur le développement de la base de données MicroSol-database (http://prodinra.inra.fr/record/20022) qui permet, d’une part, de gérer le conservatoire, les métadonnées associées aux sols et la traçabilité de ses échantillons (lieu de stockage, suivi des opérations sur les sols) et, d’autre part, de stocker les données issues des analyses du LADM. La plateforme GenoSol, pour ses activités de conservatoire et de SIE, est articulée avec le CEES d’INRAE Orléans qui, via la base de données Donesol, stocke les résultats des analyses physico-chimiques des sols (Carbone, azote, pH, polluants ...). Sur les 21000 sols stockés au sein du CRG de la plateforme GenoSol, les 4 000 sols des campagnes 1 et 2 du RMQS sont communs avec ceux du Conservatoire Européen des Echantillons de Sol (InfoSol, Orléans). Ces deux conservatoires sont destinés à des communautés scientifiques et professionnelles différentes (science du sol, pour InfoSol, et biologie/écologie pour GenoSol). La plateforme est labellisée ISO9001,en 2015, pour le CRG, puis pour la totalité du périmètre de la plateforme en 2018.

Date de modification : 17 juillet 2023 | Date de création : 28 mars 2023 | Rédaction : VN