Activités de recherche: 

Distribution des bactéries pathogènes de l'Homme ou commensales dans l’environnement (sol, eau), impact sur l’épidémiologie des maladies transmissibles, développement de résistances aux antibiotiques

Question 1-1 : Quel est l’impact des paramètres environnementaux sur la circulation des micro-organismes entre l’environnement et l’homme (micro-organismes pathogènes ou commensaux) ?
Divers réservoirs de micro-organismes sont explorés : sol, eau, plantes, (rhizosphère, parties aériennes), animaux de rente, faune sauvage. Les micro-organismes seront détectés, dénombrés, isolés, caractérisés et comparés à des souches cliniques d’origine humaine.
Question 1-2 : Quels sont les déterminants génétiques impliqués dans la résistance aux antibiotiques de souches bactériennes cliniques et environnementales, et quel est leur lien éventuel avec l’adaptation et la virulence ?
Les gènes codant pour les résistances aux antibiotiques sont souvent portés par des structures conservées (de type intégron)  mobilisables (transposon, séquence d’insertion) ou/et transférables (plasmides conjugatifs). Les structures rencontrées dans les souches environnementales seront comparées aux structures rencontrées dans les souches humaines de même que leur support, leur environnement génétique et leur éventuel caractère transférable. Nous apprécierons ensuite les liens éventuels au sein d’une même souche entre la présence de gènes impliqués dans l’adaptation, dans la virulence et dans la résistance aux antibiotiques.

Activités d’enseignement : 

• Master 2 MP2,  Microbiology and Physicochemistry for food and wine Processes

Université de Bourgogne Franche Comté

• Master 2 B2IPME,  Biologie Intégrative des Interactions Plantes-Microorganismes-Environnement

Université de Bourgogne

Publications :

• Barbier E, Fouchet T, Hartmann A, Cambau E, Mougari F, Dubois C, Lubetzki M, Rochelet M. (2022 ) Rapid electrochemical detection of Mycobacterium tuberculosis in sputum by measuring Ag85 activity with disposable carbon sensors. Talanta. Sep 10;253:123927. doi: 10.1016/j.talanta.2022.123927. Epub ahead of print. PMID: 36174382.
• Bollache L., Emeline Bardet, Géraldine Depret, Sébastien Motreuil, Catherine Neuwirth, Jérôme Moreau, Alain Hartmann (2019). Dissemination of CTX-M-producing Escherichia coli in freshwater fishes from a french watershed (Burgundy). Frontiers in Microbiology, 9 1-18, 3239, https://dx.doi.org/10.3389%2Ffmicb.2018.03239, https://hal.inrae.fr/hal-02620624
• Lions J., Alain Hartmann, Anne Togola, Guillaume Duyck, Monique Fabre, Catherine Neuwirth (2018). Exposition des eaux souterraines peu profondes à Escherichia coli résistant aux antibiotiques : approche hydrochimique pour identifier les sources et les voies de transfert. La Houille Blanche - Revue internationale de l'eau, (4), 5-12, https://dx.doi.org/10.1051%2Flhb%2F2018036, https://hal-brgm.inrae.fr/hal-02174934
• Revellin C., Alain Hartmann, Sébastien Solanas, Edward Topp (2018). Long-term exposure of agricultural soil to veterinary antibiotics changes the population structure of symbiotic nitrogen-fixing rhizobacteria occupying nodules of soybeans (Glycine max). Applied and Environmental Microbiology, 84 (9), 1-11, e00109-18, https://dx.doi.org/10.1128%2FAEM.00109-18, https://hal.inrae.fr/hal-02622932
• Betelli L., Catherine Neuwirth, Sébastien Solanas, Benoit Chantemesse, Fabienne Vienney, Alain Hartmann, Murielle Rochelet (2018). A voltammetric test for the rapid discrimination of β-lactamase-producing Enterobacteriaceae in blood cultures. Talanta, 184 210-218, https://dx.doi.org/10.1016%2Fj.talanta.2018.02.092, https://hal.inrae.fr/hal-02628871
• Chantemesse B., Laetitia Betelli, Sébastien Solanas, Fabienne Vienney, Loic Bollache, Alain Hartmann, Murielle Rochelet (2017-02-01). A nitrocefin-based amperometric assay for the rapid quantification of extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in wastewaters. Water Research, 109 375–381, https://dx.doi.org/10.1016%2Fj.watres.2016.11.066, https://hal.inrae.fr/hal-01488899
• Barbier E., Murielle Dequaire Rochelet, Laurent Gal, Maria Laura Boschiroli, Alain Hartmann (2017). Impact of temperature and soil type on Mycobacterium bovis survival in the environment. PLoS ONE, 12 (4), np, e0176315, https://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0176315, https://hal.inrae.fr/hal-01607023
• Barbier E., M. L. Boschiroli, E. Gueneau, Murielle Rochelet, Ariane Payne, K. de Cruz, A. L. Blieux, C. Fossot, Alain Hartmann (2016). First molecular detection of mycobacterium bovis in environmental samples from a French region with endemic bovine tuberculosis. Journal of Applied Microbiology, 120 (5), 1193-1207, https://dx.doi.org/10.1111%2Fjam.13090, https://hal.inrae.fr/hal-02634911
• Amel Ayad, Mourad Drissi, Claire de Curraize, Chloé Dupont, Alain Hartmann, Sébastien Solanas, Eliane Siebor, Lucie Amoureux, Catherine Neuwirth (2016). Occurence of ArmA and RmtB Aminoglycoside Resistance 16S rRNA Methylases in Extended-Spectrum β-Lactamases Producing Escherichia coli in Algerian Hospitals. Frontiers in Microbiology, 7 np, art 1409, https://dx.doi.org/10.3389%2Ffmicb.2016.01409, https://hal.inrae.fr/hal-01602430
• Barbier E., Benoît Chantemesse, Murielle Rochelet, Léon Fayolle, Loic Bollache, Maria Laura Boschiroli, Alain Hartmann (2016). Rapid dissemination of Mycobacterium bovis from cattle dung to soil by the earthworm Lumbricus terrestris. Veterinary Microbiology, 186 1-7, https://dx.doi.org/10.1016%2Fj.vetmic.2016.01.025, https://hal.inrae.fr/hal-01488906
• Vivant A.L., Catherine Boutin, Stéphanie Prost-Boucle, Sandrine Papias, Alain Hartmann, Géraldine Depret, Christine Ziebal, Sophie Le Roux, Anne-Marie Pourcher (2016). Free water surface constructed wetlands limit the dissemination of extended-spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli in the natural environment. Water Research, 104 178-188, https://dx.doi.org/10.1016%2Fj.watres.2016.08.015, https://hal.inrae.fr/hal-01602353
• Vivant AL., Dominique Garmyn, Laurent Gal, Alain Hartmann, Pascal Piveteau (2015-07-07). Survival of Listeria monocytogenes in Soil Requires AgrA-Mediated Regulation. Applied and Environmental Microbiology, 81 (15), pp. 5073 - 5084, https://dx.doi.org/10.1128%2Faem.04134-14, https://hal-agrosup-dijon.inrae.fr/hal-01789564
• Rochelet M., Sébastien Solanas, Laetitia Betelli, Benoît Chantemesse, Fabienne Vienney, Alain Hartmann (2015). Rapid amperometric detection of Escherichia coli in wastewater by measuring beta-D glucuronidase activity with disposable carbon sensors. Analytica Chimica Acta, 892 160-166, https://dx.doi.org/10.1016%2Fj.aca.2015.08.023, https://hal.inrae.fr/hal-02639929
• Dequaire Rochelet M., Sébastien Solanas, Laetitia Betelli, Catherine Neuwirth, Fabienne Vienney, Alain Hartmann (2015). Amperometric detection of extended-spectrum β-lactamase activity : application to the characterization of resistant E.coli strains. Analyst, 140 (10), 3551-3556, https://dx.doi.org/10.1039%2Fc4an01786b, https://hal.inrae.fr/hal-02634942
• Betelli, L., Duquenne, P., Grenouillet, F., Simon, X., Scherer, E., Gehin, E., & Hartmann, A. (2013). Development and evaluation of a method for the quantification of airborne Thermoactinomyces vulgaris by real-time PCR. Journal of …, 92, 25–32. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167701212003429
• Hartmann, A., Locatelli, A., Amoureux, L., Depret, G., Jolivet, C., Gueneau, E., & Neuwirth, C. (2012). Occurrence of CTX-M Producing Escherichia coli in Soils, Cattle, and Farm Environment in France (Burgundy Region). Frontiers in Microbiology, 3(March), 83. doi:10.3389/fmicb.2012.00083
• Garmyn, D., Gal L., Briandet, R., Guilbaud, M., Lemaitre, J. P., Hartmann, A, .Piveteau, P. (2011). "Evidence of autoinduction Heterogeneity via Expression of the Agr System of Listeria monocytogenes at the Single-Cell Level." Appl. Environ. Microbiol. 77: 6286-6289
• Garmyn, D., Gal L., Lemaitre, J. P., Hartmann, A.,Piveteau, P. (2009). Communication and autoinduction in the species Listeria mononytogenes: A central role for the agr system. Commun. Integr. Biol. 2: 371-374.
• Lyautey E., Lapen D.R., Wilkes G., McCleary K., Pagotto F., Tyler K., Hartmann A., Piveteau P., Rieu A., Robertson W.J., Medeiros D.T., Edge T.A., Gannon V., Topp E. (2007). Distribution and Characteristics of Listeria monocytogenes Isolates from Surface Waters of the South Nation River Watershed, Ontario, Canada. Appl. Environ. Microbiol. 73:5401-5410.
• Lyautey E., Hartmann A., Pagotto F., Tyler K., Lapen D.R., Wilkes G., Piveteau P., Rieu A., Robertson W.J., Medeiros D.T., Edge T.A., Gannon V., Topp E. (2007). Characteristics and frequency of detection of fecal Listeria monocytogenes shed by livestock, wildlife, and humans. Can. J. Microbiol. . 53:1158-1167.
• Mazurier S., Lemunier M., Hartmann A., Siblot S., Lemanceau P. (2006). Conservation of type III secretion system genes in Bradyrhizobium isolated from soybean. FEMS Microbiol. Lett. 259, 317-325
• Devers M., Henry S., Hartmann A., Martin-Laurent F. (2005) Horizontal gene transfer of atrazinedegrading genes (atz) from Agrobacterium tumefaciens St96-4 pADP1::Tn5 to bacteria of maize cultivated soil. Pest Management Science 61 : 870-880
• Mohamed, M.A.N., Ranjard, L., Catroux, C., Catroux, G., Hartmann, A., (2005) Effect of natamycin on the enumeration, genetic structure and composition of bacterial community isolated from soils and soybean rhizosphere. Journal of Microbiological Methods 60:31-40.
• Rousseaux, S., Hartmann, A., Rouard, N., and Soulas, G. (2003) A simplified procedure for terminal restriction fragment length polymorphism analysis of the soil bacterial community to study the effects of pesticides on the soil microflora using 4,6-dinitroorthocresol as a test case. Biology and Fertility of Soils 37: 250-254.
• Piutti, S., Semon, E., Landry, D., Hartmann, A., Dousset, S., Lichtfouse, E., Martin-Laurent, F. (2003) Isolation and characterisation of Nocardioides sp SP12, an atrazine-degrading bacterial strain possessing the gene trzN from bulk- and maize rhizosphere soil. FEMS Microbiology Letters 221: 111-117.
• Rousseaux, S., Hartmann, A., Lagacherie, B., Piutti, S., Andreux, F. and Soulas, G. (2003). Inoculation of an atrazine-degrading strain, Chelatobacter heintzii Cit1, in four different soils: effects of different inoculum densities. Chemosphere 51(7): 569-576.
• Rousseaux, S., Soulas, G. and Hartmann, A., (2002). Plasmid localisation of atrazine-degrading genes in newly described Chelatobacter and Arthrobacter strains. FEMS Microbiology Ecology,. 41(1): p. 69-75.
• Hénault C., Barbier E., Hartmann A., Revellin C. (2022-02). New Insights into the Use of Rhizobia to Mitigate Soil N2O Emissions. Agriculture, 12 (2), https://dx.doi.org/10.3390/agriculture12020271, https://hal.inrae.fr/hal-03604574, OA


• Michelet L., Solanas S., Tambosco J., Grecchi M., Gerard O., Hartmann A., Boschiroli M. L. Réactions non spécifiques aux tests de dépistage ante mortem de la tuberculose bovine : investigations dans un centre de bovins reproducteurs. Journées de l’AEEMA mai 2021. Epidémiologie et santé animale
• Sautour, M., Lemaître, J.-P., Ranjard, L., Truntzer, C., Basmaciyan, L., Depret, G., Hartmann, A., & Dalle, F. (2021). Detection and survival of Candida albicans in soils. Environmental DNA, 00, 1– 9. https://doi.org/10.1002/edn3.230

Présentation orale

•  Hartmann A. (2022-06-15). Distribution des bacteries pathogènes de l’homme ou commensales dans l’environnement (sol, eau) et les agro-ecosystemes, emergence de resistances aux antibiotiques. Presented at : Académie d'Agriculture de France. Colloque thématique hepta-académique : « Une seule santé : les microbes et l’antibiorésistance en partage », paris, France (2022-06-15), https://hal.inrae.fr/hal-03714215 


• Michelet L., Solanas, S., Tambosco J., Grecchi M., Gerard O., Hartmann A., Boschiroli M.-L. (2021-05-20). Réactions non spécifiques aux tests de dépistage ante mortem de la tuberculose bovine : investigations dans un centre de bovins reproducteurs. Presented at : Journées scientifiques de l’AEEMA, Association pour l'Etude de l'Epidémiologie des Maladies Animales, paris, France (2021-05-20), https://hal.inrae.fr/hal-03660765 
• Hartmann A., Depret G., Bourdat-Deschamps M., Nelieu S., Favre-Bonté S., Crouzet A., Lejon D., Spadini L., Crouzet O., Nazaret S. (2019-07-01). Impact of soil fertilization with organic amendments on the dissemination of antibiotic resistance in cultivated soils. Presented at : ARAE 2019 – 8th symposium on antimicrobial resistance in animals and the environment, Tours, France (2019-07-01 - 2019-07-03), https://hal.inrae.fr/hal-02734016 
• Hartmann A. (2018-11-27). Les sols et la résistance aux antibiotiques. Presented at : Congrès de la Société Française de Toxicologie, Lille, France (2018-11-27 – 2018-11-28), conférence invitée. https ://hal.inrae.fr/hal-02785463

[Présentation orale] Hartmann A. (2018-11-21). Survie et devenir des bactéries résistantes aux antibiotiques dans le sol et les systèmes de culture. Presented at : Colloque Académie d’Agriculture de France : Antibiotiques et environnement, Paris, France (2018-11-21 – 2018-11-21), conférence invitée. https://hal.inrae.fr/hal-0278528   

Poster

•  Olivier Crouzet, Géraldine Depret, Anais Goulas, Sylvie Nelieu, Sylvie Nazaret, Alain Hartmann (2019-07-01). The typology of organic wastes influences dose-response relationships between sulfonamide residues and antibiotic resistance genes in amended soils. Presented at : ARAE 2019 – 8th symposium on antimicrobial resistance in animals and the environment, Tours, fr (2019-07-01 - 2019-07-03), https://hal.inrae.fr/hal-02733926 

Principaux contrats :

ANR , ANSES, SEST, Europe CIRCLES