XIIème Colloque de l’AFEM, 2025, Beaune (Bourgogne Franche-Comté)

A l’invitation de l’UMR Agroécologie (https://umr-agroecologie.dijon.hub.inrae.fr/), de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (AFEM, https://premc.org/afem/) et de la Fondation Evertéa (https://fondationevertea.org/) tous trois co-organisateurs de la 12^ème édition du colloque de l’AFEM, environ 150 chercheurs francophones sont venus partager leurs résultats de recherche en écologie microbienne obtenus dans différents environnements allant des sols à l’océan mais aussi de la fourche à la fourchette et jusqu’au tractus digestif de l’Homme. Les travaux de ses chercheurs sont menés dans une perspective de « One health (santé unique) » visant à évaluer l’impact de l’Humanité sur la santé des écosystèmes et de l’Homme vu sous le prisme de l’écologie microbienne. Leurs résultats ont été partagés dans 5 sessions scientifiques : 1-Ecologie des communautés microbiennes dans les écosystèmes, 2- Interactions microbiote-hôte et microbiote-microbiote, 3- Microbiote, fonction écologique et services écosystémiques, 4- Biotechnologies microbiennes pour la durabilité des écosystèmes et 5- Microbiote, anthropocène et changement climatique. Au total, le programme scientifique du colloque était constitué de 5 conférences invitées (Ed Topp, UMR Agroécologie, Laurent Philippot, UMR Agroécologie, Eve Toulza, UM RIHPE, Théodore Bouchez, UR PROSE et Serena Rasconi, UMR CARRTEL https://afem2025.sciencesconf.org/resource/page/id/2), 35 conférences orales et de 91 affiches présentées dans deux sessions posters (https://afem2025.sciencesconf.org/resource/page/id/1).

Ce 12^ème colloque de l’AFEM a aussi été l’occasion d’interaction avec la société au travers de l’organisation d’une session de médiation scientifique (https://afem2025.sciencesconf.org/resource/page/id/10) intitulée ‘microbiote, vigne et vin’ durant laquelle Ludivine Griveau Cheffe de Chai des Hospices de Beaune est venu témoigner de l’importance des microorganismes pour la conduite de la vigne, la production et l’élevage du vin. Cette session a aussi été l’occasion de mettre en avant l’importance des travaux en écologie microbienne ciblant le microbiote des sols de vigne (Lionel Ranjard, UMR Agroécologie), de l’holobionte de la vigne (Sophie Trouvelot, UMR Agroécologie) et du microbiote du vin (Hervé Alexandre, UMR PAM).

L’interaction sciences-société médiée par l’AFEM s’est aussi manifestée par le partage avec les adhérents d’Agronov (https://agronov.com/), pôle d’innovations en Agroécologie, de la journée ‘Sols et biosolutions’ coorganisée par Agronov, l’UMR Agroécologie et l’AFEM (https://agronov.com/19-novembre-2025-journee-technique-sol-biosolutions/). Les microorganismes et l’écologie microbienne ont été vus à cette occasion comme un des acteurs principaux de la transition agroécologique des systèmes de culture.

Comme le veut la tradition des colloques de l’AFEM, cette 12^ème édition a été l’occasion de donner une part belle aux jeunes chercheurs (doctorants et post-doctorants) pour présenter leurs résultats sous forme de communications orales et écrites. Le colloque a aussi été ouvert à 29 étudiants de la Graduate School TRANSBIO ()https://www.ubfc.fr/formation_/ubfc-integrate/transbio-graduate-school/) des masters de l’UBE (M2 B2IPME, https://ufr-svte.ube.fr/master-2-b2ipme), l’IA Dijon (M2 MP2, https://institut-agro-dijon.fr/formations/masters/mp2-microbiology-and-physicochemistry-for-food-and-wine-processes) et de l’UMLP (M2 MAGE, https://formations.univ-fcomte.fr/fr/formations/feuilleter-le-catalogue/master-lmd-XB/master-biologie-sante-M3PNGH7Y/master-biologie-sante-microbiologie-antibioresistance-genomique-et-epidemiologie-mage-M3PNGXJP.html) afin qu’ils puissent découvrir les travaux des chercheurs de l’AFEM.

Ce colloque a aussi été l’occasion de la préparation d’une issue spéciale intitulée ‘Towards a Better Understanding, Managing and Engineering of Environmental Microbiomes in a Changing World’ qui sera publiée dans la revue internationale ‘Frontiers in Microbiomes’ (https://www.frontiersin.org/research-topics/72020/towards-a-better-understanding-managing-and-engineering-of-environmental-microbiomes-in-a-changing-world).

Enfin cette douzième édition colloque a été rendu possible par le soutien de nos partenaires (INRAE, Institut Agro Dijon et Université de Bourgogne Europe), de nos sponsors (HARMI, Conseil Régional de Bourgogne Franche Comté, Graduate School TRANSBIO, Sayens, AgrOnov, BIO-RAD, Macherey-Nagel, Dutscher et Frontiers in Microbiomes) mais aussi par l’implication des comités scientifique et local d’organisation du colloque, le professionnalisme du personnel du Palais des congrès de Beaune et l’enthousiasme des adhérents.es de l’AFEM ! »

Quelques photos: