Liya Zhu

Résumé:

Cette thèse explore comment les plantes interagissent avec leur microbiote rhizosphérique pour optimiser leur nutrition, en particulier l’acquisition du fer. Chaque plante possède un core microbien fonctionnel stable, mais certaines fonctions clés, comme le recrutement de gènes pour le fer, dépendent du génotype. Le sol agit comme filtre principal, déterminant la structure microbienne et la disponibilité des nutriments, tandis que le génotype module les communautés par l’architecture racinaire et les exsudats. L’étude des bactéries productrices de sidérophores a révélé une grande diversité fonctionnelle et des stratégies différenciées selon la combinaison plante × sol. Les communautés synthétiques ont montré que la plasticité microbienne est guidée par le filtrage écologique, assurant résilience et stabilité, mais pas toujours une meilleure acquisition de fer. Ces travaux montrent que la rhizosphère est un système hiérarchique et dynamique, où le sol fixe les contraintes principales, le génotype sélectionne les partenaires microbiens et les microbes expriment une plasticité fonctionnelle. Ils ouvrent la voie à des stratégies agricoles ciblant des plantes capables de recruter des communautés polyvalentes et productrices de sidérophores pour garantir nutrition stable et résilience des cultures.

Jury members:

• Dr. Laure WEISSKOPF – Rapporteuse
• Dr. Matthieu BARRET – Rapporteur
• Dr. Judith BURSTIN – Examinatrice
• Dr. Anouk ZANCARINI – Examinatrice
• Dr. Barbara PIVATO – Directrice de thèse
• Dr. Sylvie MAZURIER – Co-directrice de thèse
• Dr. Jingjing PENG – Membre invitée