Le microbiote du sol : un levier émergent pour améliorer les plantes cultivées

Le microbiote du sol : un levier émergent pour améliorer les plantes cultivées

L’amélioration des plantes cultivées repose classiquement sur deux piliers : le génotype (la génétique des plantes) et l’environnement (sol, climat, pratiques agricoles). Pourtant, un troisième facteur joue un rôle clé mais reste encore peu intégré dans les programmes de sélection : le microbiote du sol, c’est-à-dire les micro-organismes vivant au contact des racines.

Dans une étude récente, nous avons cherché à quantifier la contribution de ce microbiote à la variation de traits importants chez les plantes. Pour cela, nous avons mis en place une expérimentation originale combinant plusieurs génotypes d’Arabidopsis thaliana, différents sols aux propriétés contrastées et des microbiotes extraits puis réintroduits de manière contrôlée. Cette approche a permis de distinguer les effets du microbiote de ceux de l’environnement physico-chimique du sol.

Nos résultats montrent que le microbiote contribue de manière significative aux performances des plantes, mais selon des modalités différentes suivant les traits. Pour la croissance, il exerce en partie un effet direct, avec des variations importantes de biomasse selon les microbiotes. En revanche, pour la résistance aux maladies, son influence dépend fortement d’interactions avec le génotype de la plante et l’environnement, rendant les effets plus contextuels.

Ces travaux soulignent l’intérêt d’intégrer le microbiote dans les stratégies de sélection végétale, tout en montrant que les approches doivent être adaptées au trait ciblé. Lorsque l'effet du microbiote est indépendant du génotype de la plante et de l'environnement, le programme de sélection peut être simple et peu demandeur en nombre de parcelles. Lorsqu’il dépend d’interactions avec le génotype et/ou le sol, celà devient beaucoup plus lourds. À terme, cette meilleure prise en compte des interactions entre plantes et micro-organismes pourrait contribuer au développement de systèmes agricoles plus durables et plus efficaces.

Articile du article publié dans la revue New Phytologist,