Activités de recherche, techniques  : 

Mon travail comme écologue de système se concentre sur la compréhension de la performance écologique à différentes échelles d'organisation biologique et spatio-temporelle. Je cherche à déterminer les échelles appropriées pour gérer les fonctions agroécologiques et les services souhaités par la société. L'approche reconnaît la complexité des systèmes écologiques mais met l'accent sur la simplification pour une gestion efficace. Plutôt que de décrire des structures complexes telles que les réseaux trophiques, je cherche à comprendre les fonctions sous-jacentes, les comportements et les préférences des animaux au sein du réseau afin d'expliquer les relations prédateur-proie.
En tant que agroécologue, mes recherches s'étendent des comportements individuels, tels que le choix de la nourriture, à la dynamique des espèces et aux structures des communautés, y compris les réseaux trophiques. J'étudie également les écosystèmes à différentes échelles spatiales et temporelles, depuis les interactions à petite échelle dans les champs jusqu'aux paysages plus vastes et même aux continents.
Ce travail porte principalement sur les carabes, qui sont considérés comme des fournisseurs de services précieux pour les agroécosystèmes. La recherche explore le potentiel de ces coléoptères pour contrôler les pucerons, les limaces et les mauvaises herbes, dans le but de réduire l'utilisation de pesticides et d'herbicides et de minimiser l'impact sur l'environnement. Je m'appuie sur des données et des méthodologies partagées, notamment des données de séquence issues du métabarcodage, des approches socio-économiques impliquant les agriculteurs et un apprentissage automatique basé sur la logique. Les connaissances générées par cette recherche contribuent à faire avancer les enquêtes futures dans ce domaine.

Activités d’enseignement : 

Participation à un cours sur l'agroécologie à l'Institut Agro Dijon.

Publications :

• Bane M. S., Pocock M. J. O., Gibert C., Forster M., Oudoire G., Derocles S. A. P., Bohan D.A. (2021). Farmer flexibility concerning future rotation planning is affected by the framing of climate predictions. Climate Risk Management, 34, 100356 https://dx.doi.org/10.1016/j.crm.2021.100356, https://hal.inrae.fr/hal-03421454, OA
• Barroso-Bergadà D., Massot M., Vignolles N., Faivre d'Arcier J., Chancerel E., Guichoux E., Walker A.-S., Vacher C., Bohan D.A., Laval V., Suffert F. (2022-05-26). Metagenomic next⁃generation sequencing (mNGS) data reveals the phyllosphere microbiome of wheat plants infected by the fungal pathogen Zymoseptoria tritici. Phytobiomes Journal, https://dx.doi.org/10.1094/PBIOMES-02-22-0008-FI, https://hal.inrae.fr/hal-03689876, OA
• Barroso-Bergada D., Tamaddoni-Nezhad A., Muggleton S., Vacher C., Galic N., Bohan D.A. (2022-02-24). Machine Learning of Microbial Interactions Using Abductive ILP and Hypothesis Frequency/Compression Estimation. Inductive Logic Programming, 26-40, https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-97454-1_3, https://hal.inrae.fr/hal-03689865
• Barroso‐Bergada D., Pauvert C., Vallance J., Deliere L., Bohan D.A., Buee M., Vacher C. (2020). Microbial networks inferred from environmental DNA data for biomonitoring ecosystem change: strengths and pitfalls. Microbial networks for biomonitoring. Molecular Ecology Resources, 21, 762-780, https://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.13302, https://hal.inrae.fr/hal-03049733, OA
• Bjørnåvold A., David M., Bohan D.A., Gibert C., Rousselle J.-M., van Passel S. (2022). Why does France not meet its pesticide reduction targets? Farmers' socio-economic trade-offs when adopting agro-ecological practices. Ecological Economics, 198, 107440, https://dx.doi.org/10.1016/j.ecolecon.2022.107440, https://hal.inrae.fr/hal-03716593
• Bohan D.A., Richter A., Bane M., Therond O., Pocock M.J.O. (2022). Farmer-led agroecology for biodiversity with climate change. Trends in Ecology & Evolution. https://doi.org/10.1016/j.tree.2022.07.006
• Bohan D.A., Schmucki R., Abay A., Termansen M., Bane M., Charalabidis A., Cong R.-G., Derocles S. A., Dorner Z., Forster M., Gibert C., Harrower C., Oudoire G., Therond O., Young J., Zalai M., Pocock M. J. (2022). Designing farmer-acceptable rotations that assure ecosystem service provision in the face of climate change. Advances in Ecological Research, 65, 169-244, https://dx.doi.org/10.1016/bs.aecr.2021.01.002, https://hal.inrae.fr/hal-03518128
• Carbonne B., Bohan D.A., Charalabidis A., Petit S. (2019). Weed seed availability, carabid intraspecific interference and their interaction drive weed seed consumption by carabid beetles. Agricultural and Forest Entomology, 21, 396-406, https://dx.doi.org/10.1111/afe.12346, https://hal.inrae.fr/hal-02321801
• Carbonne B., Bohan D.A., Foffová H., Daouti E., Frei B., Neidel V., Saska P., Skuhrovec J., Petit S. (2022). Direct and indirect effects of landscape and field management intensity on carabids through trophic resources and weeds. Journal of Applied Ecology, 59 (1), 176-187, https://dx.doi.org/10.1111/1365-2664.14043, https://hal.inrae.fr/hal-03604950
• Carbonne B., Bohan D.A., Petit S. (2020). Key carabid species drive spring weed seed predation of Viola arvensis. Biological Control, 141, 104148, https://dx.doi.org/10.1016/j.biocontrol.2019.104148, https://hal.inrae.fr/hal-02942831, OA
• Charalabidis A., Dechaume-Moncharmont F.-X., Carbonne B., Bohan D.A., Petit S. (2019). Diversity of foraging strategies and responses to predator interference in seed-eating carabid beetles. Basic and Applied Ecology, 36, 13-24, https://dx.doi.org/10.1016/j.baae.2019.02.003, https://hal.inrae.fr/hal-02078541, OA
• Derocles S., Bohan D.A., Dumbrell A. J., Kitson J. J. N., Massol F., Pauvert C., Plantegenest M., Vacher C., Evans D. (2018). Biomonitoring for the 21st Century: Integrating Next-Generation Sequencing Into Ecological Network Analysis. Advances in Ecological Research, 58, 1-62, https://dx.doi.org/10.1016/bs.aecr.2017.12.001, https://hal.inrae.fr/hal-01713119
• Dubart M., Alonso P., Barroso-Bergada D., Becker N., Bethune K., Bohan D.A., Boury C., Cambon M., Canard E., Chancerel E., Chiquet J., David P., de Manincor N., Donnet S., Duputié A., Facon B., Guichoux E., Le Minh T., Ortiz-Martínez S., Piouceau L., Sacco-Martret de Préville A., Plantegenest M., Poux C., Ravigné V., Robin S., Trillat M., Vacher C., Vernière C., Massol F. (2022). Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project. Advances in Ecological Research, 65, 367-430, https://dx.doi.org/10.1016/bs.aecr.2021.10.007, https://hal.inrae.fr/hal-03634351, OA
• Fernandez-Aparicio Ruiz M., Bernard A., Falchetto L., Marget P., Chauvel B., Steinberg C., Morris C. E., Gibot-Leclerc S., Boari A., Vurro M., Bohan D.A., Sands D., Reboud X. (2018). Investigation of amino acids as herbicides for control of Orobanche minor parasitism in red clover. Frontiers in Plant Sciences, 8, 334, https://dx.doi.org/10.3389/fpls.2017.00842, https://hal.inrae.fr/hal-02789724, OA
• Fournier P., Pellan L., Barroso-Bergadà D., Bohan D.A., Candresse T., Delmotte F., Dufour M-C., Lauvergeat V., Le Marrec C., Marais A, Martins G., Masneuf-Pomarède I., Rey P., Sherman D., This P., Frioux C, Labarthe S, Vacher C. (in press). The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime. Advances in Ecological Research, 67, https://doi.org/10.1016/bs.aecr.2022.09.001
• Frei B., Guenay Y., Bohan D.A., Traugott M., Wallinger C. (2019). Molecular analysis indicates high levels of carabid weed seed consumption in cereal fields across Central Europe. Journal of Pest Science, 92, 935-942, https://dx.doi.org/10.1007/s10340-019-01109-5, https://hal.inrae.fr/hal-02620099, OA
• Frei B., Guenay Y., Bohan D.A., Traugott M., Wallinger C. (2022). Correction to: Molecular analysis indicates high levels of carabid weed seed consumption in cereal fields across Central Europe. Journal of Pest Science, 95, 541-542, https://dx.doi.org/10.1007/s10340-021-01432-w, https://hal.inrae.fr/hal-03647237, OA
• Gray C., Ma A., Mclaughlin O., Petit S., Woodward G., Bohan D.A. (2021). Ecological plasticity governs ecosystem services in multilayer networks. Communications Biology, 4 (1), https://dx.doi.org/10.1038/s42003-020-01547-3, https://hal.inrae.fr/hal-03125364, OA
• Guenay-Greunke Y., Bohan D.A., Traugott M., Wallinger C. (2021). Handling of targeted amplicon sequencing data focusing on index hopping and demultiplexing using a nested metabarcoding approach in ecology. Scientific Reports, 11, 19510, https://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-98018-4, https://hal.inrae.fr/hal-03460539, OA
• Guenay-Greunke Y., Bohan D.A., Traugott M., Wallinger C. (2022). A multiplex PCR assay for detecting slug species common in European arable land in the diet of carabid beetles. Entomologia Generalis, 42, 117-126, https://dx.doi.org/10.1127/entomologia/2021/1248, https://hal.inrae.fr/hal-03604162
• Ma A., Bohan D.A., Canard E., Derocles S. A., Gray C., Lu X., Macfadyen S., Romero G., Kratina P. (2018). A Replicated Network Approach to ‘Big Data’ in Ecology. Advances in Ecological Research, 59, 225-264, https://dx.doi.org/10.1016/bs.aecr.2018.04.001, https://hal.inrae.fr/hal-02952270, OA
• Ma A., Lu X., Gray C., Raybould A., Tamaddoni-Nezhad A., Woodward G., Bohan D.A. (2019). Ecological networks reveal resilience of agro-ecosystems to changes in farming management. Nature Ecology & Evolution, 3, 260-264, https://dx.doi.org/10.1038/s41559-018-0757-2, https://hal.inrae.fr/hal-02626825, OA
• Mahé I., Cordeau S., Bohan D.A., Derrouch D., Dessaint F., Millot D., Chauvel B. (2021). Soil seedbank: Old methods for new challenges in agroecology? Annals of Applied Biology, 178, 23-38, https://dx.doi.org/10.1111/aab.12619, https://hal.inrae.fr/hal-03150770
• Pocock M., Schmucki R., Bohan D.A. (2021). Inferring species interactions from ecological survey data: A mechanistic approach to predict quantitative food webs of seed feeding by carabid beetles. Ecology and Evolution, 11 (18), 12858-12871, https://dx.doi.org/10.1002/ece3.8032, https://hal.inrae.fr/hal-03449984, OA
• Reboud X., Poggi S., Bohan D.A. (2022). Effective biodiversity monitoring could be facilitated by networks of simple sensors and a shift to incentivising results. Advances in Ecological Research, 65, 339-365, https://dx.doi.org/10.1016/bs.aecr.2021.10.006, https://hal.inrae.fr/hal-03687665
• Saska P., Makowski D., Bohan D.A., van Der Werf W. (2021). The effects of trapping effort and sources of variability on the estimation of activity-density and diversity of carabids in annual field crops by pitfall trapping; a meta-analysis. Entomologia Generalis, 41, 553-566, https://dx.doi.org/10.1127/entomologia/2021/1211, https://hal.inrae.fr/hal-03231612, OA
• Vialatte A., Tibi A., Angeon V., Bedoussac L., Fabre F., Bohan D.A., Bougherara D., Carpentier A., Castagneyrol B., Cordeau S., Courtois P., Deguine J.-P., Enjalbert J., Femenia F., Fréville H., Goulet F., Grateau R., Grimonprez B., Gross N., Hannachi M., Jeanneret P., Kühfuss L., Labarthe P., Launey M., Lefebvre M., Lelievre V., Lemarié S., Martel G., Masson A., Navarrete M., Plantegenest M., Ravigné V., Rusch A., Suffert F., Tapsoba A., Therond O., Thoyer S., Martinet V. (2021). Promoting crop pest control by plant diversification in agricultural landscapes: A conceptual framework for analysing feedback loops between agro-ecological and socio-economic effects. Advances in Ecological Research, 65, 133-165, https://dx.doi.org/10.1016/bs.aecr.2021.10.004, https://hal.inrae.fr/hal-03477116

Principaux contrats :

Coordinateur

• ANR MRSEI TRANSFORM (2023-2026) Soutien financier pour la mise en place d'un projet HORIZON.
• Biodiversa BiodivRestore FRESHH (2022 – 2025) Farmer acceptable REstoration of Semi-natural Habitat to limit Herbicides (FRESHH).
• ANR-17-CE32-0011 (2017-2023) Next Generation Biomonitoring (NGB) of change in ecosystem structure and function.
• ERA-NET C-IPM BioAWARE (2017 – 2021). Prestation de la service écosystémique de la régulation des graines adventices par les carabes via la résilience des réseaux trophiques.
• FACCE SURPLUS PREAR (2016 - 2019). Prévoir les futurs services écosystémiques avec des modèles de rotation des cultures modifiés suite au changement climatique.

Co-coordinateur

• Consortium Biocontrole projet BCMicrobiome (2019 – 2021). Reconstruire le réseau microbien des feuilles pour identifier les antagonistes potentiels des agents pathogènes des cultures.
• Austrian Science Fund FWF (P28578-B25) projet ‘Trophic assessment of ecosystem services provided by carabid beetles in agricultural land’.

Responsable de work package

• HORIZON-MISS-2022-SOIL-01-03 projet SOB4ES (2023-2028). Soil biodiversity and its contribution to ecosystem services.
• CESAB COREIDS (2015 - 2018) Predicting community resilience to invasions from diversity and network structure.
• INRA Métaprogramme ECOSERV projet ADOSE-CAPP (2016 – 2019). Socio-économie de l'adoption des services écosystémiques.
• INRA Département SPE projet LEARN-BIOCONTROL (2016 – 2019). Comprendre le rôle des réseaux microbiens foliaires dans les maladies pathogènes des cultures