Transmission et hérédité de l'holobionte chez Pisum spp

Sujet de recherche : Ce projet de thèse porte sur la transmission verticale du microbiote chez le pois (Pisum). Les microbes présents dans la graine, qui se dispersent dans la rhizosphère lors de la germination, peuvent potentiellement recoloniser l'endosphère de la plantule puis la graine, établissant ainsi une transmission intergénérationnelle du microbiote. Le degré d'hérédité de ce microbiote est variable et dépend de plusieurs facteurs clés tels que la génétique de la plante, le stade de développement et les conditions abiotiques de culture. Bien que les études sur ce sujet se soient multipliées, les mécanismes de sélection et de transmission du microbiote d'une plante aux générations suivantes restent mal compris. Ce projet vise deux objectifs principaux : (1) Décrire les communautés microbiennes présentes dans la graine et leur transmission verticale sur deux générations. Lors de la germination, il est possible qu'une partie seulement des microbes transmis soit resélectionnée par la plantule. Nous analyserons le microbiote de la graine et le comparerons aux communautés microbiennes endosphériques de la plantule de la génération suivante, y compris les parties aériennes et racinaires (racine, tige, feuille, fleur et graine). (2) Déterminer l'impact de l'intensité de la compétition entre le microbiote du sol et celui de la graine. Un facteur limitant la dispersion des microbes présents dans la graine est la compétition exercée par les microbes résidents du sol. Dans un premier temps, nous testerons si l'abondance des communautés microbiennes résidentes du sol peut influencer la transmission verticale du microbiote de la graine. Ensuite, nous testerons si la communauté microbienne du sol héritée de la génération précédente peut également influencer le succès de cette transmission verticale.

Responsabilités : Suivi d'expériences en serre, développement de pipelines bioinformatiques pour l'analyse statistique de données en écologie des communautés microbiennes et phénotypes végétaux, analyses de séquençage des gènes 16S rRNA et gyrB. Participation à des conférences internationales et rédaction d'articles scientifiques dans des revues à comité de lecture.

Qualifications : Les candidats doivent posséder une formation en méthodes statistiques, bioinformatique, génomique et/ou écophysiologie. Une expérience en statistiques appliquées à l'écologie des communautés et en bioinformatique moléculaire avec R et/ou Python serait un atout.

Conditions d'emploi : Contrat à temps plein de 3 ans, à pourvoir en septembre 2026. Rémunération : 1 820 € net par mois + avantages sociaux.

Procédure de candidature : Veuillez adresser les documents suivants au Professeur Yanis Bouchenak-Khelladi (yanis.bouchenak-khelladi@inrae.fr) :

1. Lettre de motivation (1 à 2 pages) décrivant votre expérience de recherche antérieure et vos qualifications pour ce poste, ainsi que vos intérêts de recherche actuels et futurs.

2. CV détaillé à jour.

3. Exposé de vos objectifs professionnels après le doctorat.

4. Lettre de recommandation.

5. Relevés de notes et classements de master.

Le/la candidat(e) retenu(e) devra présenter oralement son projet devant un jury d’universitaires début juillet 2026.