Daniela-Alejandra Mora-Salguero

Résumé

Les digestats de méthanisation apparaissent actuellement comme un levier prometteur pour la transition agroécologique, en raison de leur utilisation vis-à-vis de la réduction des fertilisants de synthèse. Cependant, leur impact sur la qualité microbiologique des sols demeure insuffisamment documenté, rendant difficile de statuer sur l’adéquation de cette pratique avec la préservation des fonctions assurés par les microorganismes du sol. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse ayant pour but l'évaluation des impacts des digestats de méthanisation sur la qualité microbiologique des sols agricoles. Ce travail s’organise en deux axes principaux : (i) évaluer au champ l’effet d’un apport répété de digestat de méthanisation sur les communautés microbiennes du sol, et (ii) évaluer l’impact de pratiques agronomiques liées à l’épandage de digestats de méthanisation sur ces mêmes communautés. L’abondance et la diversité des communautés microbiennes des sols ont été appréhendées via des outils de métagénomique environnementale basés sur l’extraction et la caractérisation de l’ADN du sol. Les résultats obtenus montrent que, comme pour d'autres produits résiduaires organiques (PRO), un historique d’au moins cinq ans d’apports est nécessaire pour observer des changements durables dans les communautés microbiennes du sol. L’association des digestats avec des amendements organiques ayant un rapport C/N élevé (>12) semble être l’une des stratégies les plus bénéfiques pour la qualité microbiologique des sols. Par ailleurs, l’impact des digestats ne peut être correctement appréhendé qu’en tenant compte des pratiques agricoles associées.