Résumé

Les champignons mycorhiziens à arbuscules forment une association symbiotique mutualiste avec plus de 80% des plantes terrestres, y compris la vigne. Les avantages de cette symbiose mutualiste sont innombrables. La colonisation des racines par les champignons mycorhiziens est principalement évaluée par coloration et observation microscopique. D’autres outils, comme les anticorps, les isoenzymes et les techniques de biologie moléculaire, peuvent également être utilisés. Néanmoins, toutes ces méthodes permettent "seulement" de détecter la présence de champignons mycorhiziens, alors qu'aucune information n'est fournie sur le bon fonctionnement de la symbiose mycorhizienne, et donc sur les bénéfices apportés aux plantes cultivées. Le projet de thèse a consisté en l’identification d’un set de gènes régulés spécifiquement par la mycorhization. Nous avons identifié 43 gènes régulés par la mycorhize, quelle que soit la condition testée (nature du porte-greffe, du greffé-soudé considéré, nutrition phosphatée, carence hydrique). Nous avons décidé de regrouper ces 43 DEG sous l’appellation CORMYC. Ce CORMYC est une base solide pour développer des outils (kits de diagnostic) de suivi du fonctionnement de la symbiose mycorhizienne à arbuscules, destinés aux professionnels du secteur de la production végétale. Ce suivi permettra, entre autres, de valider les itinéraires de culture les plus favorables au fonctionnement optimal de la symbiose mycorhizienne à arbuscules et donc des services écosystémiques rendus par cette association mutualiste. Ces outils seront extrêmement utiles aux professionnels impliqués dans le développement et la mise en œuvre de systèmes de production agricole respectueux de l'environnement.

Thèse soutenue le 7 avril 2023

Composition du jury:

PR. VANDENKOORNHUYSE Phillipe      Professeur à l’Université de Rennes                  Rapporteur

Dr. ZIMMERMANN Sabine                    Chargé de recherche CNRS, Montpellier        Rapportrice

Dr CARPIN Sabine                       Maitre de conférences à l’Université d’Orléans            Examinatrice

Mme MAGNIEZ Sophie                                Chargée d’affaires chez DECA BFC            Examinatrice

PR. WENDEHENNE David                          Professeur à l’Université de Bourgogne         Examinateur

PR. WIPF Daniel                                     Professeur à l’Université de Bourgogne      Directeur de thèse